总部与陕西面食加盟店的关系总是很微妙的，加盟店总是埋怨总部存在官僚主义，只懂得盲目指挥，对实际情况缺乏了解。而总部也会认为加盟店自以为是，角度性太强，对总部的工作不支持，由于种种矛盾，也导致总部的营销策略难以得到执行。
现在许多品牌连锁加盟体系本身就是一种比较脆弱的合作关系。双方既没有股份的约束，又没有共同发展的远景，完全是一种相互利用的关系。加盟店仅仅希望借助总部发展壮大，没有长期合作的意愿，而总部又贪图市场份额，在自身体制尚不完善的前提下盲目发展。因此，这种加盟连锁是极不稳定的合作关系，也是造成分歧的主要原因。
总部没有经过详尽的市场调查制定的营销策略往往只适合用于部分区域，这样一来就造成加盟商的抵触情绪，或者营销方案根本不适合在当地推广。我国的区域性差异很大，各个地方的消费水平、消费观念不同，因此总部在制定营销方案时不应一概而论，要顾全大局。
如果总部给予加盟店太大的权利，同样会导致总部的营销策略难以执行，总部要合理控制加盟店的权力，制定健全、完善、合理的管理机制。任何事情做到有章可寻、有制可依。